实验室下设三个研究方向，每个研究方向各设若干研究组。

1．重大区域性环境污染与健康危害的监测与评价方向

（1）典型环境污染物及其健康危害监测与评价新技术研究组

（2）重大区域性环境污染的健康危害与疾病的监测及评价研究组

2．重大区域性环境污染的健康危害与疾病的致病机制方向

（1）太湖水污染对人群健康危害的机制研究组

（2）淮安地区食管癌环境与基因交互作用的机制研究组

3．重大区域性环境污染的健康危害与疾病的预防方向

（1）太湖水污染对人群健康危害的预防策略研究组

（2）淮安地区食管癌的多阶段、多靶点联合、系统人群预防策略研究组