南京海关于1979年1月1日正式成立，是党的十一届三中全会召开以后，我国在长江内河设立的第一个海关机构。根据党中央关于机构改革的统一部署，2018年4月14日起，原江苏出入境检验检疫局职责和队伍划入南京海关。
南京海关是受海关总署直接领导，负责指定口岸及相关区域范围内海关工作运行管理、监督监控的正厅级直属海关，领导隶属海关。
南京海关管辖范围为江苏省的各项海关管理工作，主要负责本关区贯彻落实党中央、国务院关于海关工作的方针政策和决策部署，负责贯彻执行与海关管理相关的法律、法规、规章、规范性文件和相关技术规范，负责本关区征税、监管、缉私、出入境检验检疫、统计等工作，负责本关区基层党组织建设、队伍建设和日常管理工作。
南京海关下辖金陵、苏州、苏州工业园区、无锡4个副厅级隶属海关，25个正处级隶属海关单位；机关内设1个副厅级机构、20个正处级机构。关区在编在职人员近5000人。